6. září 1943 vyjely z Terezína dva deportační transporty: Dl s 2 479 a Dm s 2 528 lidmi. Cílem bylo Birkenau, konkrétně nově vytvořený „terezínský rodinný tábor", který byl v táborovém systému označován jako BIIb. Transportované čekalo na osvětimské poměry neobvyklé přijetí: neprošli obvyklou selekcí, nebyli ostříháni, rodinní příslušníci se mohli setkávat (bydleli v různých barácích, ale ve stejné táborové sekci), pro děti byl dokonce zřízen zvláštní dětský blok, kde si mohly společně hrát a jejich vychovatelé je i tajně učili. Na dětské hry se občas chodili dívat i esesáci včetně doktora Josefa Mengeleho. Ve všech ostatních ohledech byly životní podmínky stejně kruté jako ve zbytku Birkenau - vězňové trpěli hladem, zimou, byli vyčerpáni těžkou fyzickou prací, sužovaly je nemoci i otřesné hygienické podmínky. Osvětimské podzemní hnutí zjistilo, že v dokumentech obyvatel BIIb je poznámka „SB", „Sonderbehandlung", česky „zvláštní zacházení". Tímto termínem nacisté označovali osoby určené k likvidaci.

15. a 18. prosince byly z Terezína vypraveny další dva transporty směřující do „rodinného tábora" - přijelo jimi pět tisíc vězňů. 8. března 1944 bylo téměř 5 000 vězňů ze zářijových transportů nejprve odděleno od ostatních a v noci pak zavražděno v plynových komorách.

15., 16. a 18. 5. 1944 vyjely z Terezína do „rodinného tábora" další tři transporty s celkem 7 500 lidmi. Vězňové z prosincových a květnových transportů během svého pobytu procházeli selekcemi - někteří se tak dostali pryč z Birkenau do jiných koncentračních táborů. Na počátku července zbývalo v BIIb více než šest tisíc lidí. Všichni byli mezi 10. a 12. červencem 1944 povražděni plynem.

Ze 17 500 vězňů „terezínského rodinného tábora" se konce války dočkali pouze 1 294 lidé.