V listopadu 1941 založen coby tábor pro zajaté ­sovětské vojáky. 10. května 1942 sem byli přivezeni první židovští vězni a bylo rozhodnuto, že se Malý Trostinec stane vyhlazovacím táborem. Většina obětí byla zavražděna ihned po příjezdu. Oběti byly buď zastřeleny nebo zabity v tzv. plynových vozech - nákladních automobilech, do jejichž uzavřené zadní části byly vypouštěny výfukové plyny. Aby byla přehlušena střelba a křik obětí, vyhrávala při popravách zesílená hudba z gramofonů. I když byl tábor určen primárně židovskému obyvatelstvu z okolí Minska, smrt zde našli i lidé z Německa, Rakouska a Protektorátu Čechy a Morava. Celkový počet obětí se odhaduje na 200 až 500 tisíc.